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（三）农民工医疗保险制度立法统筹层次低
到现阶段我国政府在医疗保险方面还没有专门的立法，医疗保险仍旧处在社会政策的层面上，因此为农民工设立的医保制度尤其缺少，只有少部分与农民工医疗保险相关的指导性文件。除了这些我国政府出台的指导性文件，地方关于农民工的医保也只是一些地方性的法规、规章，而且一些地方政府部门制定的法规和规章不严谨，经常出现政策互为冲突的现象，不仅影响了农民工的权益，更加对国家法律造成了极其严重的危害。除此之外，由于各地区政府部门制定的法规和规章不同，导致其法规规章不能在其他地区通用，其法律效力只在本地区有效，然而农民工稳定性较低，经常更换工作地点，因此农民工的要求根本不能被实现。另外，由于我国政府医疗保险立法统筹层次低，各个地区的医保基金无法流通，会由此造成各个地区的支付危机，因此对农民工本身的利益产生危害。从更深的层次来说，各个地区政府在摸索农民工医保制度的道路时，由于制定以及出台的法律不同，经济发展高低不平，导致未来建立全国性的医疗保险制度时会出现不同程度的难度。