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Mohamed等[24]运用PCR技术成功检测了63个菌株，其中包括酵母菌、曲霉菌、青霉菌和镰刀菌。虽然常规的PCR技术能够检测和鉴别真菌种类，比传统的方法简便，但也存在一些局限性，如在同一体系中只能检测1个物种，在大量物种检测中效率不高，且无法反映产毒真菌量的多少。
2）多重PCR 技术
多重PCR与单重PCR 相比，大大提高了效率，在同一PCR 反应管内可同时检测出多种病源微生物，节省了时间和费用[25]。
3） PCR-DGGE 技术
PCR -DGGE技术引入到食品微生物的研究领域。Mavragani等[21]运用真菌通用引物ITS1和ITS4作为第1轮扩增引物，然后选用Pyr1和Pyr2做巢式PCR引物并进行DGGE分析，并成功鉴定了包括产真菌毒素的pyrenophora.tritici-repentis在内的6个核腔菌属物种。但此项技术受限于只能分析小分子片段的PCR 产物。
4） 实时定量PCR 技术
Fredlund等[26]通过比较实时定量PCR和LC-MS/MS 的分析结果，发现小麦中禾谷镰孢菌和其产生的毒素单端孢烯霉毒素（DON）存在一定的线性关系。
5） DNA微阵列技术
Kristensen等[27]选用TEF-1α延长因子设计探针，运用DNA 微阵列技术成功鉴定了14种产单端孢烯霉毒素和念珠菌毒素的镰刀菌种，并预言利用DNA 微阵列技术有可能实现产毒真菌的半定量。
6） 分子标记技术
Konstantinova等[28]根据IGS-rDNA片段，利用RFLP技术成功鉴定梨孢镰刀菌、拟分枝镰刀菌。RFLP技术对样品纯度要求较高、样品用量大，且RFLP提供的多态信息含量低，多态性水平过分依赖于限制性内切酶的种类和数量，加之RFLP分析技术步骤繁琐、工作量大、成本较高，因此其应用受到一定的限制。
（3） 免疫分析法
免疫分析法是利用抗原抗体反应原理，对真菌毒素定性定量检测的方法。免疫分析法操作简单，灵敏度高，分析迅速，可用于真菌毒素的大批量分析，其主要包括有放射免疫分析法、酶联免疫分析法、荧光免疫分析法以及近年来发展比较迅速的免疫胶体金技术和免疫芯片技术等。
（4） 其他检测方法
1）分子印迹技术：分子印迹技术是近年发展起来的一种新技术。 利用此技术可以制备与真菌毒素特异性结合的分子印迹聚合物（MIP），也可以将其运用于固相萃取柱中替代免疫亲和柱等。何庆华等已经利用分子印迹技术制备了赭曲霉素A-MIP、玉米赤霉烯酮-MIP、黄曲霉素-MIP等，为分子印迹技术应用于真菌毒素的检测奠定了基础。
2）生物芯片分析法：生物芯片是近年来在生命科学领域迅速发展起来的一项高新技术，具有大规模、高通量与高平行特性。胡娜等用基因芯片技术初步建立了用芯片检测与黄曲霉毒素生物合成相关基因的技术方法。
1.2 本课题的研究的目的和意义
真菌毒素的存在会威胁人类健康, 造成社会经济损失, 因此, 真菌毒素的预防、去毒、解毒是非常重要的问题。真菌毒素的预防包括一级预防和二级预防。一级预防主要是制订粮食及其产品中真菌毒素含量的允许标准； 二级预防是研究、发现、治理毒素引起的对人类社会的危害。真菌毒素的结构鉴定是一个比较复杂的问题。在弄清毒素基本的物理、化学及生物性质的基础上，常需综合运用色谱、光谱、波谱、质谱等多种现代分析手段来测定其相对分子质量和鉴定分子结构。对于某些高分子活性物质，不但要测定其一级结构，还需测定其高级结构。
本研究不同地区的小麦为原料，在了解小麦萌发生长生的特性基础上，采用科学的微生物研究手段，从上海、江苏沭阳、浙江杭州以及福建建阳放于以上三地一共751份小麦样品，并且从中分离出所有真菌，经过分离、筛选、培养。并从形态和分子上进行鉴定。并且通过DNA序列的检测从而精确确定真菌毒素的存在以及具体分析。