利用GENBANK数据库开发黄鳝SSR标记(3)

菜单

2.4黄鳝引物的命名和记录

先建立“Excle2”表格，引物命名，将黄鳝第一对微卫星引物可命名为：HS-1F，HS-1R (根据拼音)，将黄鳝第二对微卫星引物可命名为：HS-2F，HS-2R，往下依次增加。其中F代表上游引物，R代表下游引物。对应的GenBank号：将word 1、word 2、word 3、word 4、word 5、word 6、word 7、word 8文件中的每一个DNA序列复制粘贴，在主word文件中查找替换，检测每一条DNA序列在主word文件中处于什么位置，然后在与“Excle 1”文件中内容作对比，以此来查找出对应的GenBank号[17]。来!自~751论-文|网www.751com.cn

3.结果

3.1微卫星序列搜索

我们从GenBank数据库中搜索到770条黄鳝核酸序列，利用计算机和人工处理，最后得到134条含有微卫星重复单元的序列，占了整个GenBank数据库中黄鳝核酸序列总数的17%。在所发现的黄鳝微卫星序列中，双碱基共有53对，其中，AC28对、GT19对、CT2对、AG3对、AT1对。双碱基重复类型 AC、GT、AG、CT、AT、含量依次减小，其占微卫星双碱基重复类型总数的百分比分别为 22.6 %、15.3%、2.4 %、1.6 % 、0.8%（图1）；三碱基重复类型共有13对，其中CAG3对、CAA3对、TGC2对、TCC1对、AGG1对、CTT1对、ACC1对、AGC1对。三碱基重复类型中，CAG、CAA、TGC、TCC、AGG、CTT、ACC、AGC含量依次减小，其占三碱基微卫星类型总数的百分比分别为 20%、20%、13.3 %、6.7%、6.7%、6.7%、6.7%、6.7%（图2）；四碱基重复类型中只有一种重复序列ATCA，各占四碱基微卫星类型总数的8.3%；未发现其它重复类型如五碱基、六碱基重复序列[18]。