利用GENBANK数据库开发黄鳝SSR标记

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摘要：本研究利用 GenBank公共数据库下载黄鳝DNA序列740条，通过SSRHunter 1.3软件进行微卫星（SSR）序列查找后，利用Primer5.0软件进行引物设计，共设计黄鳝微卫星引物67对。本研究所得微卫星引物中，绝大多数为双碱基重复类型，共有53对，其中，AC/GT重复类型最多，共47对；三碱基重复类型引物共有13对；四碱基重复类型中只有ATCA重复类型1对；未发现五碱基、六碱基重复序列。本研究中开发的SSR标记，不仅可以丰富黄鳝分子标记的数量，而且对剖析黄鳝重要性状的遗传机制奠定基础，对于黄鳝的遗传多样性、遗传连锁图谱构建、关联分析等研究具有重要应用价值。68411

毕业论文关键词：黄鳝，微卫星，GenBank数据库

Abstract: In order to develop microsatellite (SSR) markers of ricefield eel (Monopterus albus) from public databases, 740 DNA sequences were downloaded from the GenBank database. A total of 67 primer pairs were successfully designed after SSRHunter 1.3 software searching of microsatellite sequences and Primer5.0 software designing of primers. Among these microsatellite primer pairs, majority was double-base repeat type, with a number of 53, and AC /GT repeat was the dominate type, which was up to 47 pairs; there were also 13 pairs of three-base repeat type and one pair of four-base repeat type (the ATCA repeat type) while five-base and six-base repeat types were not detected. The SSR markers developed in this study will be of great use in future researches on genetic persity analysis, correlation analysis, genetic linkage map construction, comparative genomics and marker-assisted selection breeding for ricefield eel.

Keywords: ricefield eel (Monopterus albus), GENBANK database，microsatellite

1.前言 6

2.材料和方法 7

2.1从GENBANK数据库下载黄鳝核苷酸序列 7

2.2黄鳝微卫星核苷酸序列的查找 7

2.3黄鳝微卫星引物的设计 8

2.4黄鳝引物的命名和记录 8

3.结果 8

3.1微卫星序列搜索 8

3.2微卫星引物设计 10

4 讨论 18

5 展望 19

参考文献 20

致谢 22

1 前言

黄鳝隶属于硬骨鱼纲，合鳃目合鳃科，主要生活在湖泊、小池塘、田间，是我国重要淡水鱼类之一[1]。因为黄鳝营养价值很高、美味，人们过度捕捉，并且随着环境的恶化，黄鳝没有良好的生活坏境，导致供需关系严重不足[2]。所以保护黄鳝，研究黄鳝遗传多样性是当前重要任务之一[3]。论文网

微卫星标记是近几年发展迅速的一种遗传标记技术，已经成为遗传、基因组学领域研究热点。微卫星是一类由2-6个核苷酸经过多次单位串联组成的高度变异重复DNA序列。具有按照孟德尔方式分离、多态信息含量丰富、突变快、显共显性遗传等特点。由于微卫星DNA所在区域的核苷酸序列比较保守，所以，根据微卫星的侧翼序列来设计合适的引物对它核心序列进行PCR扩增[4]。微卫星是一种重复性好、多态性丰富、共显性的分子标记，广泛应用在水产动物遗传多样性分析方面的研究中。所以，开发合适的微卫星引物是进行微卫星遗传的关键。鱼类作为水生生物的一个重要的组成部分，当前，已经在几十余种中获得了微卫星序列，并且进行了应用，表一是已经开发的一些鱼类微卫星序列，通过对当前已经知道的微卫星序列的研究分析。将会大大地减少开发微卫星序列的成本。对我们研究黄鳝的分子标记、遗传图谱、遗传的多样性具有重要的意义[5]。