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1.1.3蛋白酶简介
蛋白酶（protease）是水解蛋白质肽键一类酶的总称。按它水解多肽的方式，可以把它分为内肽酶与外肽酶两种。内肽酶先将蛋白质分子的内部切断，形成分子量比较小的月示和胨。外肽酶着从蛋白质分子的游离氨基或着羧基的末端将肽键水解，而游离出来的氨基酸，前者是氨基肽酶后者是羧基肽酶。按照其活性中心和最适宜pH值，又可把蛋白酶分成丝氨酸蛋白酶和巯基蛋白酶和金属蛋白酶还有天冬氨酸蛋白酶。按照其反应的最适宜pH值，可以分做酸性蛋白酶、中性蛋白酶与碱性蛋白酶。工业生产上使用的蛋白酶，最主要的是内肽酶。[20]
蛋白酶广泛在动物内脏、植物茎叶或果实与微生物中含有很多。微生物蛋白酶，其主要是从霉菌、细菌，亦或者由酵母或放线菌生产。
有很多种类的能够使蛋白质发生水解的酶类。比较重要的有以下几种：胃蛋白酶（Pepsin）、胰蛋白酶（Parenzyme）、组织蛋白酶（cathepsin）、木瓜蛋白酶（Papain）与枯草杆菌蛋白酶（Subtilisin）等。什么样的反应底物会与酶作用，这其中有着严格的选择性，首先一种蛋白酶只能和蛋白质分子中一定的肽键发生反应，比方说胰蛋白酶与碱性氨基酸作用所产生的肽键。蛋白酶在自然中分大量存在，比如人和动物的消化道中，植物与微生物中也有不少的蛋白酶存在。但因为动植物资源并非用之不竭的，工业生产蛋白酶主要是使用诸如枯草杆菌即枯草芽孢杆菌或者栖土曲霉之类的微生物发酵来制备蛋白酶。
蛋白酶现在广泛的使在诸如皮草、丝绸、医学、食品加工、酿造业等方面。皮革工业中需要的脱毛与软化均可以使用蛋白酶来达到目的，这样既节省了生产时间，又能够改良劳动环境。而且蛋白酶可为蚕丝脱胶、使得肉类的口感变得鲜嫩、使得酒中的色素除去。在临床上能够作为医药，胃蛋白酶能够作为治疗消化不良的药剂使用，酸性蛋白酶对于支气管炎有很好的效果，惮性蛋白酶对于脉管炎还有胰蛋白酶（Parenzyme）和胰凝乳蛋白酶（又称糜蛋白酶）对与外科化脓性的伤口的洗净和胸腔间浆膜粘连都有着巨大的作用，还能够将组织处理变成单个细胞，以此做到细胞组织的培育。洗衣粉中添加碱性蛋白酶，就可以消去衣服上的血迹还有其他蛋白的污物，不过要注意不要直接接触皮肤，这样会损伤皮肤表面上的蛋白质，诱发皮疹、湿疹之类的过敏反应。[12] [13]
1.1.4蛋白酶抑制剂简介
蛋白酶抑制剂（protease inhibitor）一般而言说的是能够与蛋白酶分子中的活性中心上的某些基团结合，从而使蛋白酶活性降低，亦或是消失，但不会使得酶蛋白的性质改变的一类物质。在放线菌的发酵液中分离能够得到亮肽素（leupeptin）、抗痛素（antipain）、糜蛋白酶抑素（Chymostatin）、抑弹性蛋白酶醛（Anti elastase aldehyde）、抑胃蛋白酶素（Anti pepsin hormone）、磷酰胺素（Phosphorous amide peptide）等，它们可以分别抑制胰蛋白酶（Trypsin）、木瓜蛋白酶（Papain）、糜蛋白酶（Chymotrypsin）、弹性蛋白酶（Elastase）、胃蛋白酶（Pepsin）、金属蛋白酶（metalloprotease）等各种蛋白酶。上述的可以归类为蛋白酶抑制剂。
蛋白酶作为人们免疫缺陷的病毒基因编码之中的一类，为特异天冬酰蛋白酶，它能够将基因与基因表达以此出现的蛋白裂解，使之变成拥有活性的，具有病毒结构的蛋白与酶，这对抑制HIV这种病毒复制起到关键的作用。所以蛋白酶抑制剂能作为治疗艾滋病的一种药物。
蛋白酶抑制剂（protease inhibitor）是一种多肽化合物，能够作为治疗HIV药物的重要组成部分，在90年代比较靠后的的一段时间作为新产品问世，但是该药物合成十分困难，这也是导致了现在抗HIV治疗高昂的治疗费的主要原因，是一道在学界必须克服的障碍。现在比较主要的蛋白酶抑制剂有以下的几种：奈非那韦（viracept see nelfinaivr）、沙奎邦韦（Shah Que Bong Vee）、茚地那韦（Indinavir）、安泼那韦（amprenavir）、利托那韦（ritonavir）、洛匹那韦（lopinavir）以及它们的复合制剂。[4] [5]