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摘要：采用从食品级304不锈钢材质器械表面分离的肠炎沙门氏菌在以肉汁液（MTLB）和标准培养液（TSB）中模拟肉品加工与实验室培养，20℃培养三天得到生物菌膜和浮游菌体，提取成熟阶段生物菌膜和浮游菌体各样本的总RNA，然后利用RNA-seq技术和Illumina HiSeq2500测序平台对肠炎沙门氏菌的生物菌膜和浮游菌体各样本的总RNA进行转录组测序，从而鉴定分析其特征性sRNAs的差异基因表达，最后利用RT-qPCR技术验证分析特征性sRNAs的差异性表达。分析表明测序结果较为理想，并鉴定得到不同实验组间的差异表达基因，用RT-qPCR获得基因差异倍数与转录组结果趋势基本一致，基因表达倍数之间差异较小，结果可信度较高。33100
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毕业论文关键词：沙门氏菌；生物菌膜；sRNA；RT-qPCR
Salmonella Biofilm and its Characteristic sRNAs
Abstract：Salmonella enteritidis, isolated from the surface of food grade 304 stainless steel material, in the meat thawing - loss broth (MTLB) and trypticase soy broth (TSB) for growth matrix (analog meat processing and laboratory training), 20℃training three days get biological membrane and planktonic bacteria, membrane extraction mature biological bacteria and planktonic bacteria in various samples of total RNA; then using RNA - seq technology and Illumina HiSeq2500 sequencing platform of biological bacteria Salmonella enteritidis membrane and planktonic bacteria in various samples of total RNA genome and transcription, appraisal analysis of the characteristic of the differences between sRNAs expression; finally, verify the differential expressions of the characteristic sRNAs analyzed by using RT - qPCR technology. The results showed that the results of sequencing were ideal and the differentially expressed genes were identified. The difference of gene differentiation between RT-qPCR and the result of transcriptome was basically the same, and the difference of gene expression was small, and the results of a higher degree of credibility.
Key words: Salmonella; biofilm; sRNA; RT-qPCR
目 录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言1
1材料与方法2
1.1材料 2
1.1.1主要试剂2
1.1.2主要仪器设备2
1.2方法 2
1.2.1肉汁培养基（MTLB）的制备2
1.2.2生物菌膜和浮游菌体的制备3
1.2.3总RNA提取3
1.2.4建库测序3
1.2.5特征性sRNAs以及mRNA的RT-qPCR验证4
2结果与分析5
2.1TSB和MTLB中主要元素种类含量5
2.2总RNA样品质量5
2.2.1 RNA的纯度5
2.2.2总RNA样品测序产出数据质量评估情况5
2.3参考序列比对6
2.4 RNA-seq相关性检查7
2.5 sRNA分析8
2.6 RT-qPCR验证结果8
3讨论11
致谢12
参考文献12
沙门氏菌生物菌膜及其特征性sRNAs
引言 沙门氏菌(Salmonella)是肠杆菌科一属，为革兰氏阴性、无芽孢和荚膜、有鞭毛的兼性厌氧菌，是一类在全球范围内广泛传播的重要人畜共患致病菌。沙门氏菌可通过食物链在人畜间传播，从而造成严重的公共卫生问题。在欧洲和美国，每年由沙门氏菌引发的细菌性食物中毒数量居首[1-2];在我国，由沙门氏菌引起的食物中毒事件占细菌性食物中毒的70%~80%[3]。食源性致病菌可通过很多途径污染食品，由中国食源性疾病监测网的调查结果表明，最主要的污染途径是来自于食品加工设备等造成的交叉污染，达到了27%[4]。研究显示食源性致病菌可以粘附于食品及加工器械表面并生长，在菌体－接触面和菌体－菌体之间相互作用，通过菌体增殖、分泌胞外基质从而形成细菌聚集体，该聚集体被称为生物菌膜(Biofilm, BF)[5]。如果一些致病菌在食品制造及加工环境形成菌膜而难以清除，很容易造成食品污染。不管是致病菌还是非致病菌基本上都是以菌膜的形式定居于人体内的。生物菌膜的形成是在特定条件下一些微生物的特定的生长状态。形成菌膜后，菌体表现出一些不同于游离状态的生理特点，对不良环境的抗性增强。菌膜的形成及释放是一个动态可逆的过程，为了方便研究可将其形成过程分为以下五个阶段：表面接触和起始可逆吸附阶段、非可逆吸附阶段、发育阶段、成熟阶段及释放阶段[6]。