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1.4.6 TLC追踪反应的进程及碘显色的反应机理
薄层色谱(Thin Layer Chromatography)常用TLC表示，又称薄层层析，属于固－液吸附色谱。TLC是在被洗涤干净的玻板（10×3cm左右）上均匀的涂一层吸附剂或支持剂，待干燥、活化后将样品溶液用管口平整且干净的毛细管滴加于离薄层板一端约1cm处的起点线上，凉干或吹干后置薄层板于盛有展开剂的展开槽内，浸入深度为0.5cm（不要浸没起跑线）。待展开剂前沿离顶端约1cm附近时，将色谱板取出，干燥后喷以显色剂，或在紫外灯下显色。
TLC一般用于以下三方面：一、适用于少量样品（几到几微克，甚至0.01微克）的分离；二、在制作薄层板时，把吸附层加厚加大，又可用来精制样品，此法特别适用于挥发性较小或较高温度易发生变化而不能用气相色谱分离的物质。三、薄层色谱法还可用来跟踪有机反应的进程(在进行化学反应时，常利用薄层色谱观察原料斑点的逐步消失来判断反应是否完成)及进行柱色谱之前的一种“预试”(在用柱色谱分离纯化前后的TLC对比，观察纯化后的TLC显示的斑点是否唯一且其Rf值与纯化前是否一致来判断)。
碘是很好的氧化性物质、当产物中含有氨基、羟基、巯基、羰基等还原性基团时，两者可以发生氧化还原反应，使产物显色呈现黄色。如果产物含有苯环等共轭结构时，还可在紫外下观察到黑点，反之则没有黑点。我们一般采用两种方法结合可以显著提高检测效率。
1.4.7 有机质谱分析
质谱（mass spectrum,MS）的基本原理：使所研究的混合物或单体形成离子，然后使形成的离子按质荷比（mass-charge ratio）m/z进行分离。化合物在进行质谱检测时，通常会加钠、加氢或者加钾，在一级质谱中，会有M+23，M+1或者M+39的峰。
生物质谱主要用于解决两个分析问题:精确测定生物大分子的分子量,并提供分子结构信息;对存在与生命复杂体系中的微量或痕量小分子生物活性物质进行定性或定量分析。质谱测定环肽是根据质谱碎片离子推导序列的,质谱出现序列信息碎片主要是通过酰胺键断裂形成。绘制“肽图”是重要测序方法。通常一化合物的质谱图是以棒图形式记录的它电离后征集到的各种不同质荷比的离子及其相对丰度（或强度）。
1.4.8 核磁共振分析
在核磁共振波谱法中，用波长10-100 m的电磁波照射样品，由于这个范围的电磁波波长较长，而能量较低，不能引起样品中的原子或原子团的振动跃近，更不能引起价电子的跃迁。但这样波长的电磁波能够与放置在磁场中一定数量样品的原子核相互作用，发生核磁共振跃迁，记录其共振跃迁讯号的位置和强度，就是核磁共振波谱。
核磁共振可用于确定氨基酸序列、定量混合物中的各组分组成含量等分析,尤其是随着二文、三文以及四文NMR的应用,使得它逐渐成为分析肽类物质的主要方法。目前,利用化学位移、裂分常数等来获得环肽的结构信息已成为常规测试手段。2D-NMR技术能提供环肽分子中各种核之间的多种多样的相关信息,如核之间通过化学键的自旋偶合相关,通过空间的偶极偶合(NOE)相关,同种核之间的偶合相关,异种核之间的偶合相关,核与核之间直接的相关和远程的相关等。根据这些相关信息,就可以把环肽中的原子通过化学键或空间关系相互连接。这不仅大大提高了大量共振信号的分离能力,减少了共振信号间的重叠,并且能提供许多1D-NMR波谱无法提供的结构信息,如互相重叠的共振信号中每一组信号的精细裂分形态,准确的耦合常数,确定耦合常数的符号和区分直接和远程耦合等。因此核磁共振在环肽的结构鉴定方面提供了重要的信息,是不可缺少的一项有力的工具。