2.2油菜油体固醇蛋白基因的搜索与下载
首先以关键词“Steroleosin-A”和“Steroleosin-B”为检索词,在NCBI数据库中查找相应的基因,结果得到5个Steroleosin-A和5个Steroleosin-B基因;接着以这些物种油体固醇蛋白为检索序列,在拟南芥、水稻、甘蓝型油菜、甘蓝和白菜型油菜等18个物种中鉴定其直系同源基因,将这些基因作为油体固醇蛋白的候选基因;最后,在Plaza[11]或者NCBI数据库下载这些基因的核酸、编码区以及蛋白序列。
2.3 序列比对与进化关系分析
以10个Steroleosin-A和Steroleosin-B蛋白以及来源于18个物种的同源基因的蛋白序列为对象,利用Clustalo(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)对这些蛋白进行多序列比对[12],参数均设置为默认条件。接下来,直接导出多序列比对结果,保存在文本文件中。最后,将多序列比对文件上传到系统进化树构建工具