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在近年的研究中人们发现各种植物中存在着这种具有水解脂质物质的GDSL脂肪酶，而且从这些植物物体中分离出GDSL脂肪酶并对它们的基因组进行了测序。经过测序发现不同的植物中所含的GDSL基因家族的数量不同。如在白菜、高粱、杨树、水稻、葡萄、拟南芥、小立碗藓中分别含有141、130、126、114、96、108、57个GDSL基因家族成员。而在玉米、江南卷柏、衣藻和三角褐指藻等物种的基因组含有50—100个GDSL基因家族的成员[6-7]。Volokita等(2011)[8]曾对不同陆生植物编码的604个GDSL脂肪酶基因的氨基酸序列进行比较和分析发现，植物GDSL家族成员在序列进化树上形成了三个大的亚家族(subfarmily A、B和C)，每个分支含有来自不同植物的GDSL基因。近年来关于GDSL脂肪酶的研究越来越多，有大量关于油菜，棉花，杨树等的GDSL脂肪酶基因的报道[9-11]。
番茄为茄科番茄属的一年生草本植物，其富含有机酸、蛋白质、维生素A、B及可溶性糖等多种营养物质。由于它的果实营养丰富、美可口，及其制品的独特食用、保健及辅助治疗的功效，近年来在广大的人们群众中受到广泛地喜爱，已成为国内部分地区以及西方国家餐桌上必不可少的食品，已经成为一种世界性的蔬菜品种。
研究表明，目前已经克隆和鉴定的植物GDSL脂肪酶在调控植物的生长发育、开花、抗逆性以及次生代谢等众多生理活动中发挥着及其的重要作用。近来，有关植物GDSL家族脂肪酶基因的克隆、酶活性及其功能受到广泛地被研究[12-13]。本研究就番茄GDSL基因家族成员的序列、结构以及系统进化关系进行初步研究，旨在为进一步研究该家族的生物学功能提供有益线索。
2 材料与方法
2.1 实验材料的选择
为阐明番茄GDSL基因家族成员的基本情况，本研究选择已经测序的番茄物种作为试验材料，从全基因组水平系统性剖析番茄GDSL家族基因的序列特征与进化关系。
2.2 番茄GDSL基因的检索与下载
植物GDSL蛋白均具有典型GDSL结构域(PF00657)，为了在番茄基因组中鉴定出所有GDSL家族基因。笔者首先从Pfam数据库[13]中下载到了具有GDSL结构域的种子蛋白序列，利用HMMER工具[14]建立相应HMM模型，然后在番茄基因组中搜索具有GDSL保守结构域的蛋白作为番茄GDSL家族的候选蛋白。此外，还利用关键词搜索和同源搜索方法相结合，鉴定出更多的番茄GDSL候选蛋白。将这些GDSL候选蛋白提交InterProScan[15]和SMART[16]工具上进行分析，含有典型GDSL结构域(PF00657)被认定为番茄GDSL蛋白，这些序列下载于SGN数据库