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第一，发展中国家及最不发达国家支付高昂的药价，加剧了这些国家的财政负担以及人民生活的负荷。例如案件3中，为了治疗艾滋病，非洲许多国家需要从发达国家进口药品，但这些药品的价格绝非这些国家的公民所能承受得起。以治疗艾滋病的鸡尾酒疗法为例，在非洲国家每人每年需要花费12000美元才能得到该治疗，这对非洲地区绝大多数贫穷国家的民众而言根本无力负担；当这些国家将更多地财政支出放到医疗方面时，这也在一定程度上减少了科技研发支出，导致他们只能一直依靠外国进口的药品来解决本国的健康问题而无法研发出属于他们本国的专利药品，这本身就是个恶性循环。
第二，大部分的药品研发商都没有将其专利药品普通许可给其他国家的药品制造商，这样不仅减少了发展中国家以及最不发达国家获取药品的渠道，同时价格也无法得到合理的调控。当公共健康危机爆发时，发展中国家以及最不发达国家有意通过专利强制许可或者药品平行进口来使其民众得到有效治疗时，部分发达国家都以贸易制裁为理由威胁发展中国家以及最不发达国家，使得他们只能通过购买药品来治疗。但是发展中国家以及最不发达国家由于传染病的流行，需要的药品数量非常多而且迫切，而且这些国家的药品可及性很低，直接对其公共健康造成巨大的损害。
因此，药品专利制度对公共健康的影响既有积极的但也不排除消极的，其既能为公共健康源源不断输出更多能够有效抵抗疾病的药品，也可能会造成药品可及性低而使得公众无法获得有效药品的治疗而使得死亡率增高。
（三）药品专利权保护制度与公共健康冲突的根源
药品专利保护制度与公共健康冲突的原因是多元化的，具体表现为以下几个方面：
第一，冲突与发达国家与发展中国家的利益有关。发达国家之所以不断要求完善TRIPS协议，并要求发展中国家以及最不发达国家提高该国对药品的专利保护，其目的就是为了维护其本国的利益。事实上，大部分药品专利许可都是掌握在发达国家的药品研发商手中，而许多发展中国家以及最不发达国家因为缺乏经济实力以及研发人才并没拥有多少药品专利。发达国家为了获取利益，当传染病在发展中国家及最不发达国家肆虐时，依然坚持药品专利制度对药品的保护，抵制发展中国家及最不发达国家通过强制许可或者平行进口取得药品，因此发展中国家及最不发达国家很多时候只能按照定价去购买药品，不仅加重了这些国家的财政负担，同时大多数不发达国家由于经济实力的阻碍，根本无法获得足够的资源来帮助其国民摆脱疾病的困扰，因此每当传染病在这些国家流行时，死亡率会远远大于发达国家。因此，当发达国家希望通过药品专利保护制度增加其国民收入时，发展中国家及最不发达国家则希望药品专利保护制度能够更好地起到缓解公共健康危机的作用，这直接造成他们的意见分歧以及利益的冲突。
第二，冲突与药品研发商和消费者之间的利益相关。目前，大部分的药品研发都是依赖私人投资来推动，即使是国家研发的，其投入的研发资本也需要通过专利制度的保障才能肯定资金能完整回流从而进行下一轮新药品的研发。因此，消费者在购买药品预防治疗疾病时，支付的药价大部分是为研发所投入的资源资金买单。这些国家的消费者认为专利保护制度给予药品过度保护，致使该药品不能发挥其应有的价值，同时该专利权的保护超出了其应有的范围已经侵犯了人权的保护，特别是健康权。因此，当药品研发商认为药品专利保护制度应该更好地保护其研发的药品时从而保证其资金链不断层时，消费者则认为专利保护制度的实施导致该研发的药品不能真正实现其社会价值。