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一、推进新农村合作医疗制度可持续发展的必要性
（一）解决农民因病致贫，因病返贫的问题，提高农民健康水平
新农合的持续健康发展是解决农民因病致贫，因病返贫问题，缩小贫富差距的重要途径，只有保障农民的基本医疗需求，切实提高农民健康水平，才能解决农民的后顾之忧，改善民生，促进农村经济增长，构建社会主义和谐社会。
（二）有利于破除城乡二元医疗保障体制，实现社会公平
随着人民群众医疗卫生需求的不断提高，新农合制度与城镇职工医疗保险制度相比，在医疗卫生资源配置、医疗制度待遇水平等方面的不公平性越来越凸显。推动新农村合作医疗制度可持续发展，提高参保人员的待遇水平，有利于农民和城镇居民一样在国家医疗保障制度下受益，减少城乡间就医差距，实现社会公平。
（三）有利于构建社会主义和谐社会
在推进新农合持续稳定发展过程中，国家卫生医疗资源投入的政策倾斜，能有效解决农民就医问题，改善农民健康水平，提高农村生产率，促进农村经济发展。众所周知，经济基础决定上层建筑，农村经济的稳定发展是农村地区稳定乃至整个国家安定团结的重要基础。
二、我国新型农村合作医疗制度可持续发展面临的问题
（一）新型农村合作医疗制度中的政府责任缺失
1.立法滞后，法律法规不健全
新型农村合作医疗制度发展至今已有十余年的历史，在顶层设计方面仍只有国务院发布的决定等一系列文件，部委规范性文件以及各地方政府的实施方案，并没有说明具体的实行措施，不符合立法先行的国际惯例，新农合工作人员及农民查找文件十分困难，不利于新农合制度的持续稳定推进。此外，新农合试点过程中由于缺乏有效的法律依据，政府的责任尚无明确的法律责任和长远规划，政策具有一定的随意性，执行过程中往往出现这样那样的问题，有时甚至导致地方政府政策的破产，使新农合制度运行效率低下。“为避免新农合制度运行过程中各自为政，条块分割，需要尽快进行顶层设计，制定一部既符合实际需要又具有可操作性的相关法律法规。”[ ]
2.投入不足，财政资金不到位
新型农村合作医疗制度以政府出资为主体，资金能否到位一直是我国开展新农合工作的关键问题。政府在医疗卫生方面的资金投入，是政府履行公共职能、完善医疗服务责任的体现。其一，新农合制度自试点以来，中央政府和地方政府虽然加大了投入力度，但广大农村特别是中西部的农村地区，由于经济发展的差异，公共财政资金不能及时足额到位，医疗卫生事业较难开展。据测算，我国政府用于农村医疗卫生事业的投资支出，在绝对数量上是逐年递增的，但是年均增长速度低于同期全国卫生总费用的增长速度和同期全国农村卫生总费用的年均增长速度。而投入农村的医疗资源更是远低于城市的医疗资源，“30%的城市居民享有80%的医疗卫生资源, 而70%的农村居民仅享有20%的医疗资源。”[ ]其二，根据规定，“财政资金的补助流程为：农民筹集到的资金全部入账后，县财政开始进行资金匹配，将资金从国库划拨到新农合基金专用账户中，然后市、省、中央财政资金才会逐步配套到位，”[ ]这种“倒金字塔”式的资金筹集顺序，可能导致个别市、县存在财政补助不到位的现象，参合农民医药费不能及时报销。
3.管理和监督机制不完善
新型农村合作医疗制度需要完善的组织机构来支撑保障，虽然《关于建立新型农村合作医疗制度的新意见》要求县级政府设立专门的合作医疗管理委员会和具体经办机构，承担合作医疗基金的筹集、管理和运作的日常业务，但是目前各地普遍存在着编制不到位和人员不到位、机构设置差异大的现象。多数经办机构的工作人员由各县从卫生部门抽调应急者，只能承担简单重复的日常管理工作，难以胜任繁重的管理任务。