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对于碳排放市场制度的行业覆盖率问题，为减少制度实施的难度和阻力，在碳排放制度实施的初期应当选择主要污染的几个行业进行试点来推动强制排污标准，其他行业应当根据企业意愿自愿性设置排污计划。刚开始实施时都避免覆盖太多的行业以降低阻力。Svendsen和Vesterdal(2003)对欧洲的排污权交易制度最初覆盖的行业进行的分析也证明了逐步实施碳排放制度的优点。
2.国内研究
国内关于排污权交易制度相关理论的研究相对于欧美学者起步较晚，但也取得了丰硕成果，国内排污权交易理论研究内容主要包括以下方面：首先是排污权交易制度的社会效益评价，胡平生、袁磊(1998)研究认为排污权交易理论的前提条件存在一定缺陷，因此排污权交易是一方面有利于环境保护然，但却也在一定程度上纵容环境污染，他们认为排污权交易理论从厂商利益出发，其核心思想在于在排污总量控制的约束条件下使厂商利益最大化，而不是追求总体排污量的减少。所以在治理污染，保护环境的制度设计中，不应完全依靠市场机制，他们建议应更多以政府行政干预来弥补市场失灵。
还有学者关注我国排污权交易顶层制度设计。杨展里(2001)从排污权的总体效益包括：环境效益、经济效益和社会效益三方面，初步分析我国进行排污权交易制度的可行性。徐瑾、万威武(2002)将西方学者排污权交易理论的模型中引入交易成本变量，在此基础上从交易成本角度分析排污权交易制度体系应当包含的重要要素。李寿德(2006)提出构建排污权交易市场制度体系的关键在于对排污权进行界定，通过法律法规对权利进行规范，并且研究了政府对排污权交易市场管制的相关问题；提出通过制度建设平衡各种经济主体之间的权利与义务、特别是防止地方政府的地方保护主义。
碳排放交易市场包括国际和国内两个市场。国际市场是全球范围内的碳排放交易系统，各国政府和组织根据国际公约的规定分配相应的排放权利，获得排放许可，国家的排放主体之间可以进行排放权跨国贸易；国内排放权市场则是各国自身在获得国际排放权分配配额之后，根据本国产业特征把排放权利进行二次分配，以排放许可证的方式分配给国内的排污企业，持有本国排放许可证的组织也可以在国内二级市场进行交易。
国际和国内市场互相补充，共同促进全球范围的节能减排。但是在学界并不是所有学者都赞同两种市场并存，一部分学者强度国内碳排放市场的重要性，另一些学者则赞同建立一个统一的碳排放国际市场。我国学者潘家华(2008)认为碳预算方案是碳排放制度的必要条件，提升碳预算的效率可以使实现社会福利的帕累托改进。