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生物修复是通过对微生物的利用把环境中的有害物质转化为无害物质的一个过程，这一过程又被称为采用工程化方法。利用石油降解菌对石油污染的修复技术是截止目前世界公认的一种较好处理石油污染的方法[2]。迄今为止我国在利用石油降解菌对石油污染的修复技术领域也大多是在实验室的研究阶段，利用石油降解菌修复石油污染土壤的工程还很少[3]，赵瑞雪等人已经证实从石油污染过的土壤中分离出的细菌对石油污染物有着高效降解作用[4]。
石油降解菌对石油污染的治理具有投资少，环境影响小，且最大限度的降低污染物的浓度等诸多优点[2,5-6]。 石油降解的一个重要步骤是筛选合适的菌种，一般用选择性培养基筛选菌种。筛选选择脂肪烃降解菌，一般用十六烷烃作为碳源；筛选芳烃降解菌，一般用萘或菲作为碳源。筛选菌种需要通过几代的驯化来培养，需要驯化的原因在于诱导酶的合成可以使微生物对污染物适应。一些微生物要产生分解石油的酶系需要在石油的诱导，进而将其降解。微生物经过驯化后，对污染物的适应性会增强，微生物可以在高浓度的石油化合物中不被毒死。因此，微生物经过适当驯化后，可提高对石油的降解作用。这种驯化培养有三个作用；(1)诱导产生特殊的酶；(2)基因改变产生新的代谢能力；(3)选择富集利用指定化合物的微生物。 石油降解菌是一种具有分解矿化石油烃能力的微生物，在使用生物法治理石油污染的过程中有重要的意义。
细菌16S rRNA是当前微生物生态学研究中使用最广泛的生物标记，长度在1475−1544核苷酸之间， 包括可变区和保守区。由于16S rRNA在基因分子的结构分布上具有普遍性、高度保守性及其所可以包含大量信息的特点，使得16S rRNA基因成为一个较为理想的基因分类靶序列[7]，是细菌种属分类和鉴别的标准方法[8−10]，也是细菌菌群分析中应用得最多的方法，被称为“细菌化石”。可通过16S rRNA的全长序列，可完成对样品与环境中细菌区系变化、多样性和种群结构的检测和研究的目的[11−12]。分析其序列可得出不同的菌属之间的差异，利用测序技术得到其序列，然后确定属及属以上的分类单位的亲属关系。在细菌分类鉴定上，16S rRNA鉴定已被证明具有极其重要的价值[13] 。
高通量测序被视作测序技术发展历程的一个里程碑，通过这一测序方法我们可以在短的时间内测得大量物种的核酸序列和某一菌种上的基因组序列，提高了工作效率。高通量测序技术不但可以进行大规模基因组测序，还可用于甲基化、基因表达分析、非编码小分子的鉴定和转录因子靶基因的筛选等相关研究[14]，这就为我们进行基于全基因组信息的分类标准建立奠定了一个良好的基础。由此可见对一个物种的基因组和转录组进行细致全貌的分析成为可能，因此也称之为深度测序（deep sequencing）[15] 或下一代测序技术（next generation sequencing，）[16]。高通量测序技术的优点在于，第一，它利用芯片进行测序，可以同时在数百万个点上阅读测序，将平行处理的思想用到极致，因此也被称为大规模平行测( massively parallel signature sequencing，) ，这一点是大家都熟知的。第二，高通量测序技术有着完美的定量功能，这是因为样品中某种被测序的次数反映了该样品中这种的丰度。这点有望取代以前的基因表达芯片技术被应用于基因表达的研究。第三，成本低。高通量测序技术的建立时间并不长，但发展非常迅速。已经被应用于基因组，包括表观基因组学和测序以及功能基因组学研究的许多方面[14]。高通量测序技术领域的迅速发展，使得核酸序列的成本价格与测定速度的比值，超过了摩尔定律的速度迅速增加[17]。高通量测序技术将人们带到了真正的高通量测序时代，这些技术在生命科学领域必将得到广泛的应用，并产生极其巨大的推动作用[18]。本研究拟通过16S rRNA和高通量测序，分离鉴定降解石油的微生物菌株，为开发石油污染生物修复技术奠定基础。