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    1.3 拟南芥与水稻AAAP基因的序列特征分析
        为阐明拟南芥和水稻AAAP基因的结构,笔者利用GSDS[15]工具对这些基因的基因组序列和编码序列进行了比较,鉴定出基因的剪切位点,并绘制这些基因的结构图。同时,利用MEME软件[16]对这些基因编码的AAAP蛋白保守基序组成模式进行分析,参数设置如下:保守基序长度范围为6-200个氨基酸,保守基序个数范围为0-20个,期望值E<1e-5,其它参数均为缺省值。
    1.4 拟南芥与水稻AAAP染色体定位与扩增模式分析
    为将拟南芥和水稻AAAP家族基因定位在相应的染色体上,以每个基因的核酸序列为探针,利用BLAST工具搜索这些基因在染色体上对应的靶点,最后将这些基因定位在染色体上。除了基因在染色体上的位置,基因的扩增模式亦是阐明基因进化过程的重要指标。一般而言,基因扩增模式分为:串联扩增、片段扩增、串联与片段扩增、转座子介导扩增等模式。本研究围绕AAAP家族基因,只对前3种扩增类型进行分析,其它扩增模式均归为其它类型。
    1.5 拟南芥与水稻AAAP基因的进化分析
    AAAP家族基因进化最明显的特征就是最近重复基因是否发生了功能分化,也就是说成对的旁系同源基因是否经历适应性进化。本研究利用PGDD数据库中Locus Search工具鉴定出拟南芥和水稻AAAP家族成员的旁系同源基因对,这些基因对具有较高的序列相似性以及较好微共线性。随后,利用JCoDA软件[17]中的滑动窗口方法检测旁系同源基因对进行选择压力检测,利用旁系同源基因对的ω平均值,判断这些同源基因对是否经历适应性进化。
    1.6 拟南芥与水稻AAAP基因的表达谱分析
    为了阐明拟南芥和水稻AAAP家族基因的表达情况,本研究从NCBI网站的GEO数据库中下这些AAAP基因的芯片数据,经过处理后,利用Cluster[18]工具对表达数据进行聚类分析,其热图由HEMI[19]工具绘制。
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