⑺将吸附柱重新放回收集管中,于12000rpm室温离心2min,离去残留的CW2 Solution。
⑻取出吸附柱,放入一个新的1.5ml离心管中,加入50ul CE Buffer静置3 min,12000rpm室温离心2min,收集DNA溶液,提取的DNA可立即进行下一步实验或-20℃保存。
1.4.2.2 PCR扩增
⑴ 引物
表1 用于PCR扩增的引物
引物名称 序列(5’—3’) 引物出处
LCO1490 GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG Folmer et al.1994[12]
HCO2198 TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA
⑵ PCR反应体系
Mix 12.5ul,引物各2ul,ddH2O 6.5ul,模板2ul。
2.分子生物学研究
2.1数据来源
从网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov的GenBank Home中下载相关的COI基因序列[13]以及一个外种群序列。
2.2序列拼接和编辑
将得到的双向测序结果运用sequencer4.5软件进行序列拼接和序列编辑,将拼接好的序列在NCBI的BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)中的Nucleotide BLAST中进行同源性搜索(一般同源性要大于80%)[14]。
2.3基因树的构建
将原有稚虫的序列和搜索到的序列放入同一个fasta文件中,利用MEGA5.0(Tamura et al,2011)[15]对COI序列进行比对分析,去除两端多余的部分,保留共有序列。将得到的结果保存为mas格式,再次运用MEGA5.0软件进行基因树的构建,一般采用邻接法(NJ)构建进化树,利用分子数据证明检测到的稚虫分类情况。
3、结果与分析
3.1进化树的分析
本文章共分析了4条COI序列,周欣等人(2007)认为COI序列测定的种内距离是非常显著的[16]。
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