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（1）氢键
氢键的存在在超分子的体系中是十分普遍的。它是具有电负性较高的原子上的氢与邻近分子或基团的偶极相互吸引的作用，具有较强的强度和方向性。在超分子体系中，最具有代表性的具有氢键的例子就是生物体内的DNA。正是由于氢键的作用，让DNA分子中的碱基对实现了配对。而用化学的角度去看DNA分子，它就是一个利用氢键实现了分子自组装的超分子的结构（图1）。同样的在生物体内所涉及到的蛋白质构型和构象、酶的表达中，氢键都起到了重要的定向作用。
【图1】氢键在DNA分子中碱基配对的重要作用
（2）范德华力
范德华力又称分子间作用力，指的是分子间邻近的原子核由于极化而产生的弱静电的相互作用，与氢键不同的是，范德华力不具有方向性。在超分子体系中，范德华力对超分子包合也起到了重要的作用。例如，对叔丁基杯（3）芳烃包合甲苯分子等（2）。范德华力包括色散力、诱导力和取向力。对于松散分布于分子空穴或是晶格中的有机小分子而言，范德华力对于它们的分布是十分重要的。
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