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1.3.4分子对接
分子对接(molecular docking)是依据配体与受体相互作用的“锁-钥原理”(lock and key principle)。配体与受体相互作用是分子识别的过程，主要包括范德华力作用、静电相互作用、氧键相互作用、疏水相互作用等。通过计算，可以预测两者间的结合模式和亲和力，从而进行药物的虚拟蹄选。本文将上述设计的新型化合物和配体蛋白进行对接，来研究药物其在蛋白的活性位点的作用方式，来达到两方面的目的：一是能确定小分子配体的生物活性构象，另一方面是直观地认识小分子配体在蛋白质活性口袋中与周围残基的具体作用方式。
分子对接在从整体上分析配体与受体的作用效果，能部分避免很多方法的局限性。因此，分子对接研究方法在蛋白质与小分子配体的研究中占有极其重要的地位，并且它还可以与实验研究互相补充和验证，并且在某些方面发挥着实验研究难以替代的作用。
分子对接方法主要分为四个阶段:
1、受体蛋白的准备
通过查阅文献得到需要的生物大分子相关，选取合适的在PDB数据库获得其序列结构，然后在SYBYL-X 2.0软件下进行相应的前处理，必要时选取柔性残基，保存好相应格式的文件待用。
2、配体的准备
通过实验数据分析而设计出的新型化合物，在SYBYL-X 2.0画出其三文结构，进行前处理，保存好文件待使用。
3、对接参数的设置
对接参数的设置大部分默认，反复调试，选取最好的结果。
4、对接后分析
对接好的文件进行合理的分析。首先根据打分排序，综合各种打分函数选取最优对接构象，调整合适的角度位置，分析结合位点处的结合模式及特征性质。
1.3.5药效团识别与虚拟筛选
药效团模型泛指活性的化合物分子中对活性起重要作用的“药效特征元素”
在空间里的排列形式。药效基团是一个载有药物生物活性必需的本质特性的分子骨架。本文通过建立GALAHAD 药效团模型对实验数据进行分析。GALAHAD可以叠合一系列分子从而共享出体现生物活性的公共模式，生长出相应的药效团假设。GALAHAD采用先进的遗传算法和多元化的打分函数，考虑分子能量、 立体相似性和药效位点重合，同时还考虑构象的柔性，不确定的立体化学性质，可变的环结构，多种部分匹配限制和可变的特征位点表征。药效团模型以超分子的形式返回出来，包含了训练集中每个分子的信息，以及能用于探测数据库中能匹配模型的新结构的UNITY检索提问式。
2.理论原理及计算方法
2.1 SYBYL软件简介
SYBYL是Tripos公司专门为药物小分子与生物大分子科学领域研究者所设计分子模拟软件。SYBYL-X是最全面的药物与分子设计专业工具，提供了综合的分子模拟工具——结构搭建、优化、比较；结构与相关数据可视化；注解、硬拷贝、以及屏幕截图；此外，全部的用户界面重新设计以节约时间并简化了工作流。SYBYL内嵌多种力场，包括Tripos , AMBER，MM2和MMFF94，适用于药物设计相关的各种体系。模拟的内容包括了药物小分子的建模、构象分析、三文定量构效关系研究、药效团建模、虚拟筛选、生物大分子的同源模建、活性位点分析、数据库搜索等。
2.2 三文定量构效关系（3D-QSAR）的介绍及其基本原理
定量构效关系的探索，起始于药物设计领域，通过研究生物活性和理化参数之间的相关性预测新化学品的活性，指导新药和杀虫剂的合成，在环境化学领域，QSAR可用来预测化学品在环境中的暴露水平，同时又可对其生物活性作出评价。
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