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电子政务建设是网络民主发展的体现之一，更具体的，网络民主参与形式的多元化在现实中还包括有网络社群、电子论坛、电子竞选、网上投票等等。然而，我国正处于社会转型期，变迁的阶层地位、加剧分化的利益关系、大相径庭的文化差异、日益脆弱的道德修养，加之尚未健全的网络管理制度法规，网络民主的负面效应也愈加明显。同样以电子政务为例，客观地来说，由于我国电子政务起步较晚，网络技术的问题加上不恰当的管理方式，政府网站建设中仍存在很多问题。
1.信息反馈不及时，更新处理不到位
虽然我国政府网站建设已经进入轨道，内容涉及政治、经济等各个方面，政务形式也逐渐走向多元化，但是网站的维护与管理还是不到位，这往往造成政府网站形同虚设，这种不利的发展趋势不仅影响了人们参政议政的积极性与主动性，更在一定程度上丢失了人们寄予政府的信任与期望，显然，这与建立政府各部门官网的初衷是相背离的。
2.信息资源分类处理不到位
政府网站上信息资源繁多，涉及内容广泛，未经加工处理的原始信息造成了人们的理解困难，难以真正参与并融入政治生活。
政府网站的建设是基于以民为本、为民服务、与民交流的目的，但现实问题是，人们缺乏认知热情，政府宣传力度不足，人们难以真正从网上得到政府给予的便利，满足其需求。
更严重的是，网络民主的极端发展很有可能引起网络暴力。根据美国学者亨廷顿的观点，现有政治体系的承受程度和控制能力是有限并且两者是正相关的，网络参与形成的压力一旦超过这个限度，则可能引发大规模无序的网络民主参与，一旦激化现有的社会矛盾，最终可能将直接影响到政治局面的稳定。亨廷顿提出了“政治参与／政治制度化=政治稳定”的公式来阐述政治稳定和政治参与两者之间的关系。从公式中可以看出，当一个社会的政治参与出现高涨时，落后的政治体制将在动乱中崩溃。参照中国的国情，伴随着利益集团的涌现，公民参政意识不断增强，其利益诉求要求政府部门急需发掘出一套完整而优化的政治体系。而现有的政治体系缺乏法律制度的保障，公众的利益诉求常常无法得到满足。因此，人们希望通过网络这一“自由表达的空间”来得到更多参与政治的机会，尤其是处在这样的网络信息时代。另外，网络民主中的无序参与引发的骚乱时常发生。如果摆脱不了这种困境，政府部门不及时采取应对策略来扭转这种局面，长此以往，公众将会对现有的政治体系产生更多不满甚至怀疑，最终可能引发政治体系的危机。例如，2008年发生的网络暴力第一案——“王菲事件”。31岁的女子姜岩在博客上发表文章说自己丈夫有外遇后跳楼自杀，引出了中国第一次进入司法程序的“人肉搜索”案。当时，有2家网站刊登和转载网民相关的评论，姜岩的丈夫王菲顿时成为舆论谴责的焦点，因不堪忍受舆论压力，王菲将3家网站告上了法院，索赔13.5万元。最终涉案网站被判侵权，而法院也为此像工业和信息化部提出了司法建议。类似还有“陈易卖身救母事件” 、“铜须事件”、“虐猫事件”等等。由此可见，网络民主的极端就是网络暴力，严重损害了个人、集体乃至国家的合法权益，严重影响了个人的日常生活、集体的权益与荣誉，甚至国家的稳定与权利。如果类似的网络暴力关乎到国家政治体系的稳定，其危害性将难以估计。