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第三，执法上的多头处罚。比如针对违反行为的行政处罚方面，同一行为，各部门可以依据《产品质量法》、《食品安全法》等法做出不同的行政处罚。
俗话说：“九龙治水不下雨，三个和尚没水喝”。“分段监管为主，辅以各种各样的食品安全监管职能，涉及多个部门监管”的模式出现在食品安全监管实践的监督系统。由于这种多头监管的存在，使每个执法部门遇到问题都从本部门的利益出发，有益的争着抢着管，无益的便相互推矮。4管的部门多，反倒管不好，不仅会增加政府的监管成本和企业的经营成本，也导致了监管效率的低下。
（二）监管制度不完善
首先，在法律法规这方面，虽然我国在法律法规方面早就有建树，早就公布了《中华人民共和国食品安全法》和《中华人民共和国食品卫生法》。当前基本上是《农产品质量安全法》、《食品卫生行政处罚法》辅佐帮助《中华人民共和国食品安全法》的形态。可
以看出食品安全法律法规体系已经初步形成，但是具体还不完善，具体问题体现在以下两点：源.自|751,:论`文'网www.751com.cn
第一，当前的法律法规缺乏统一性。当前虽有许多针对食品安全的法律法规，但大部分属于部门立法、分段立法，这会使现实的监管工作出现交叉重复监管、无监管甚至相互推诿等现象，没能体现《食品安全法》的统领协调作用。一种现象，不同规定、不同力度的处罚反映出我国目前现行法律法规之间缺乏统一性和权威性。
第二，处罚力度不到位。长期以来，我国食品生产加工过程中的弄虚作假、假冒伪劣现象比较多，大部分是法律处罚力度太轻造成的。不严惩对违法分子就相当于纵容违法分子。虽然我国《食品安全法》加大了处罚力度，但是与发达国家相比是小巫见大巫，起不
到很好的惩戒作用。因此政府必须借鉴发达国家的经济处罚力度，加大处罚力度，以高昂的“经济代价”对现实生活中的违法分子起到强烈的威慑作用。
其次，在食品安全标准体系上，目前我国食品安全标准体系已经初步形成，涵盖了从生产到消费的各种卫生安全指标，如：食品加工原料、生产环境、食品包装、储运等各个环节，但受其他方面的影响，食品安全标准还有一些明显问题：
第一，食品安全标准重叠相交。如:一种小水果既有国家标准又有农业部颁布的绿色标准、无公害标准等；猪肉中是否含有瘦肉精,不同部门的指标就大不相同。类似这些情况的出现不仅影响执法效率,又给产品质监添乱,甚至还会让消费者混乱。
第二，食品安全标准国内国外有差别。国内外标准所造成的不同的国内外消费者的“双重标准”。这让消费者很困惑。
第三，食品安全标准滞后。我国食品质量适应不了市场竞争，食品安全事件频频发生。我国允许的好多标准，如农药残留量、植物奶油、黄酮类物质等较外国而言都多，世界上许多国家都采用国际标准，我国仍然自立标准，安全标准滞后，不仅标准繁多，还交叉重复，甚至空缺，无疑成为食品安全管理的隐患，混乱食品安全监管。
（三）监管技术落后
在我国食品安全管理部门近几年的不断努力下，食品安全检测成为我国基本形式的测试系统，但仍隐藏着一些问题：
第一，资源不集中，效率不高。目前各部门间缺乏统一的发展规划，检验检测资源分散，各部门购置的检测设备相近，严重浪费了资源；另外市场上厂家自主生产的检测设备，大多标准不一致，检测结果精确度低；还有我国食品安全检测的设备、设施陈旧，有时在检测过程中只凭经验和肉眼，严重影响了检测水平，致使食品企业钻空。并且各部门间缺乏有效的沟通协调机制，从而影响检测的整个体系。