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办公机构由5个裁并为3个； 人员编制也从5.1万人减为3万人
1988年 国务院部委由45个减为41个；
直属机构从22个减为19个；
非常设机构从75个减为44个； 国务院编制比原来减少9700人
注：此表根据公开资料整理所得
1993年，在确立了社会主义市场经济体制的背景下，第三次改革开始，以加强宏观调控、转变政府职能为重点，国务院直属部门由86个减少到59个，人员减少20%。1998年继续机构的精简，政企不分、机构臃肿等问题还是持续存在，改革后国务院组成部门由40个削减到29个，人员减少了二分之一。但此次因为受政治历史传统的限制，没有处理好精简机构和转变政府职能之间的关系，仍然没有改善当时政府机构面临的困境。
经过前几轮的改革，精兵简政虽取得一定成效，但我国政府机构内部仍然存在缺位、职能交叉等问题，这是2003年机构整改的内部动力；2001年加入了世界贸易组织，经济环境突变，经济运行的规范化和市场化成为时代需求，此时的政府职能急需转变，给我国政府带来了新的挑战，这是改革的外部动力。内外部动力的驱使使得这次机构改革与以往的改革有很大的不同，为此，顺应新的时代要求，一批新的具有经济管理和监督职能的部委和机构被设立出来，延续以往的精简原则，改革后国务院28个部门组成。
2008年开始，我国的机构精简体现了大部制改革的特点，根据实际需要，按照职能相似的原则，对现有机构进行合并，“国务院新组建了住房和城乡建设部、人力资源和社会保障部、工业和信息化部、交通运输部、环境保护部。改革后，除国务院办公厅外，国务院27个部门组成”[4]。
2013年新一届政府上台，开始了新一轮的机构改革，此次改革紧紧围绕转变职能和理顺职责关系，撤并了铁道部、卫生部和计生委、撤销了国家广播电影电视总局，国家新闻出版总署。撤销了食药监局、单设了国务院食品安全委员会办公室、国家电力监管委员会，调整了交通部和发改委，国家海洋局和国家能源局被重组。这次改革后国务院机构减少了四个。