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（一）农民承包土地不均
1995年的新一轮土地承包在法律上有“承包期内增人不增地，减人不减地”的规定，但是在近20年来，基于新增人口、婚姻嫁娶、人口死亡、耕地征用等原因，农民的土地占有极度不平衡，有些甚至连生存都困难。土地的承包保持三十年不变是文持稳定的基础，不能随意变动，所以只好从其他途径找解决土地不均带来的恶果。
（二）限制土地流转，从而限制农业现代化
土地承包经营权将土地经营主体限制在农民集体，土地不能自由流转，以家庭为主的农业发展不利于农业的规模化经营。农村土地承包权分散、土地经营规模偏小，农村劳动力素质低等因素都使农业现代化受到限制。
（三）农民土地财产权难以高效实现
土地流转受到限制，农民只能靠经营土地来获得收益。现有的土地权利设置使土地不能在市场上自由地流动，不能给农民带来财富，农民对土地失去重视，弃田撂荒现象普遍。土地财产性收入的来源单一，形式单一，农民的土地财产权无法高效地实现。
（四）影响农民城市化
即使户籍制度改革，部分农民可以进城安家，但是对土地存在牵挂，不愿放弃土地的财产权，也不放心将土地交由他人经营，所以迟迟不进城，农民城市化缓慢。进城是需要成本的，现有土地承包制度下，农民土地财产权不能高效地实现直接影响农民的收入水平，也影响农民进城进程。
二、农村土地承包权与经营权再分离的意义与作用
传统的土地承包经营权的弊端日益显露，承包权与经营权的再分离，适应时代发展的需要，弥补了土地承包经营权的弊端，对农民、农村和农业的进步有重要的推动作用。
（一）有利于现代农业的发展
首先，再分离为有生产技术并且愿意从事农业生产的企业、种粮大户提供机会，可以将分散的土地集中，有利于规模经营，从而有利于大型农业机械的使用。其次，两权分离填补了农村劳动力转移造成的土地经营主体的空缺，有利于土地的高效利用，既防止土地的荒芜、闲置和低效利用，又可以促进土地向种田能手、合作社、家庭农场等高效经营主体集中，从而提高土地的利用效率。再次，将土地在农户间流转，保障一定期限内了经营权。使通过流转获得土地的农民能更加安心地增加对土地投资，确保规模化效益；最后，承包权与经营权分离，将土地相对集中经营管理，“有利于现代农业科技的普及与运用，提高现代农业生产技术水平。”
（二）有利于农民土地财产权的实现
对部分已进城定居的农民而言，还拥有对土地的承包经营权，有的被迫将土地低价转让给别的农户代经营。此次分离使其流转经营权得到更加充分的法律保障，农民获取对土地的实质的财产权，在获得一般就业收入的同时还能得到土地的流转费用，收益增加，生活水平提高。对种地农民而言，承包权与经营权分离，使其可通过经营权的抵押，获取贷款融资机会，可以有效解决农村土地融资困难的问题。
（三）有利于城镇化和工业化的推进
农民从土地生产劳作中解放出来，部分农民在城市中有稳定的非农就业，想在城市中安家，将土地承包经营权分离，农民在获取土地收益后，没有了对土地的牵挂，更加容易进城安家。在城市中就业的农民，将经营权流转出去，农民流转土地经营权将得到更好的保障，能够更加安心地在非农部门就业，有利于劳动力资源在各部门间的配置，促进农民将来更好的融入城市，有利于城镇一体化和工业化进程。