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（二）贪污犯罪侦查的概念
侦查是整个刑事诉讼过程的一个非常重要的阶段，从我国《刑事诉讼法》第八十九条相关规定可以看出，侦查是指公安机关、人民检察院在办理案件过程中，依照法律进行的专门调查工作和有关的强制性措施。侦查阶段的主要任务在于查明案件真实真相，全面收集相关证据，为提起公诉和公正审判做好充分准备。因此，贪污犯罪侦查的概念可以更明确的界定：是指人民检察院，工作人员对具有立案管辖权的贪污犯罪案件中，采取专门性调查和强制性措施。与侦查相比，其主要区别于贪污犯罪侦查主体是检察机关及其检察人员，其次检察机关侦查对象是对其管辖范围内的贪污犯罪案件。
二、贪污犯罪侦查的困境
（一）举报人保护制度不完善
群众举报是公民行使宪法赋予其检举控告的权利，检举控告是检察机关获得线索的重要途径。由于举报人主体，举报人的心态，报道的内容是不同的，举报的情况复杂，因此举报人线索，必须认真对待。但是目前我国也没有关于证人保护之类相关的法律。对举报人证人保护上相关制度缺乏，比如保护的具体范围、具体措施，以及申请保护人所需要怎样的程序，法律并没有详细规定。当举报人感到威胁时没有相关制度为其提供保障，只有转化为实际的行为才可以启动司法程序保护其自身权利不受侵害，但是那个时候已经太晚了。保护的手段，我国采取的是先惩罚后预防的手段。惩罚措施，以其威慑作用来保护举报人，但这种保护只有在举报人已经是是受害者，才依法对肇事者进行严厉处罚，但对举报人及其亲属的伤害是无法弥补的。我们的举报人保护和预防措施，只是司法机关保守保密条款，这些措施存在非常显著的局限性。
（二）取证困难
贪污犯罪分子一般都有相对的文化水平和人际关系，只要他们察觉到自己已经在被监控的范围或者接受调查，会不顾后果的实行反侦察手段，如销毁证据、胁迫手段、转移赃物或者相互串谋提供虚假证言等，为后面案件的侦查取证带来很大的阻碍。所以在实际的侦查取证中检察机关一定要迅速，及时。然而，目前对于贪污犯罪的侦查取证检察机关由于证据不足和有关制度的限制，使得很难继续深入调查，从而使犯罪分子躲过法律的制裁。
（三）侦查体制不完善
我们的各级检察机关由上级检察机关的领导，服从党，审查委员会，检察长领导。另外，检方在同一时间又受本级党委的领导，相应级别的人大负责。人事管理和检察机关，各级财政拨款都是隶属于党委、人大、政府，从而使检察机关在侦查时受到许多束缚。在目前的实践中我们发现开展贪污案件调查，往往首先由纪检机关介入调查，纪检机关经过深入调查，取得大量的一手证据后，认为被调查者的行为构成贪污罪，才移交给人民检察院依法追究其刑事责任。人民检察院接收后，进行立案，然后依照刑事诉讼法的相关规定进行调查，对于特定的侦查还需要公安机关帮其调查。而对于此类犯罪案件相同的两个调查由不同机构进行调查的做法，是机构重叠、重复劳动的一个典型例子，是国家人力财产的极大浪费。