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酿造莜麦米酒尚没有专门的发酵剂，发酵剂处于研发阶段，莜麦糯米所用的发酵剂与方法，将直接影响莜麦米酒的质量。
王健等[11]研究了关于糖化莜麦汁最佳发酵菌种的筛选，以优质莜麦为原料，对其进行磨粉、糖化等处理后，分别接种经不同处理的即发活性干酵母、混合乳酸菌和葡萄糖活性干酵母3种菌进行发酵，根据发酵莜麦汁的理化指标和感官评分，从中筛选发酵糖化莜麦汁的适宜菌种。结果表明，葡萄糖活性干酵母的发酵效果最好，其次为驯化混合乳酸菌。