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邓喜先（2008）在《北京市新型农村合作医疗制度住院报销模式研究》对北京市189所乡镇卫生院的调查发现，北京虽是首都，但是卫生院卫技人员总体素质却不高，呈现“三多两少”的局面，即年轻人多、低学历人员多、初级人员多，而高学历、高技术职称人员少。从病床使用率来看，在13个区（县）中，病床使用率大于60%的只有2个区，病床使用率最低的区（县）只有6.46%。说明很大一部分病床未得到很好的利用。从以上数据中可以反映出农民更加倾向于县级医院就医而不是乡镇医院。因为联合调查和现实不难看出，无论是从就医人员的学历技术还是医院的器械设备环境对比，乡镇卫生院都是难以进行重大的疾病医疗救治。提到毛正中等对全国东、中、西部共 172 个试点县（市）2009 年新农合的资料分析发现，县级医院的住院人次超过了乡镇卫生院（45%对 37%），总补偿费用中，县医院补偿费用所占比例也超过了乡镇卫生院（45%对 20%），说明县医院的利用率要高于卫生院。因为农民的需求和新农合的政策优惠相互矛盾，因此在新农合实际操作中，补偿的范围和力度是远达不到农民所需要。45643
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洛菲(2010)通过对贵州省独山县G村的田野调查,大致论述现阶段新型农村合作医疗的实施状况和实施过程中存在的问题,及其与农民工医疗保险制度的衔接问题,提出相应的一些政策建议。除了对在农村内的农村医疗保险，还应该对在外地打工的农民工医疗保险实施现状进行了分析,然后就实施现状中存在的问题提出改进措施。以期这些改进措施的提出能在更大程度上满足农民工医疗保险需求并保障他们的利益。
李积国（2009）从财务和经费支持的角度，指出新农合医疗费报销过程中存在的突出问题，如：财务核算的方法存在弊端，医疗发票管理混乱；缺乏发票审核机制；乡镇卫生院办公经费不足。
谢敬敏和张方（2011）从基本药物目录制度层面阐述了新农合报销存在的问题，他们认为基本药物目录与“医保”目录、“新农合”报销目录的衔接尚不够融洽，存在三大目录制 定与调控协调不力、招标采购不一致、地方基本药物增补目录差异大、基层目录衔接矛盾和目录管理规范不统一等问题。
姜昕，崔美林（2014）在《对新型农村合作医疗费用报销制度的反思》曾说到有些医院不接受外地新农合的报销，需先全额支付医疗费用，待出院后再回到户籍所在地报 销依新农合能报销的部分，这要求病人在前去治疗前必须有足够的资金能先行垫付。
黄宵，王琼，顾雪非，向国春，李婷婷，毛正中(2012)在《新型农村合作医疗门诊统筹补偿方案》提出新农合制度想要取得良好的制度绩效， 离不开医疗供方的良好服务。为实现“小病进社区、普通病不出乡、大病不出县、重病和疑难病症进县级以上医疗机构” 的就诊格局论文网， 除新农合在补偿方面给予倾斜外， 基层医疗机构自身的建设也需要加强， 两个制度相互配合， 才能真正做到引导居民合理就医， 使居民就近享受到高质量的医疗服务。
左延莉，胡善联(2008)在《新型农村合作医疗门诊补偿模式对卫生服务利用和管理方式的影响[J]》中指出相比门诊家庭账户， 门诊统筹能引导农民有病及时治疗， 这在某种程度上可以防止小病发展成大病的危险， 门诊统筹模式的住院率低于家庭账户模式[2]。可以预见的是， 随着门诊补偿比例的提高， 门诊服务和住院服务的替代关系会更加明显， “门诊转住院” 的现象会逐渐减少。因此， 实施门诊统筹并制定合理的门诊统筹补偿方案， 在提高农村居民的受益程度和新农合的可持续发展中具有重要的意义。