1材料方法
1.1材料来源
在NCBI的GENE数据库中下载酿酒酵母GPX3蛋白基因序列,并通过ORF Finder找到其相应的蛋白序列。
1.2数据库
NCBI数据库,酵母基因序列数据库、基因组数据库、EST数据库等。
1.3试验方法与工具
利用EXPASY网站的ProtScale(http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl)和Prot-Param(http://web.expasy.org/protparam/)分析蛋白质残基组成、相对分子质量、亲水/疏水性等, 利用NetPhos 2.0软件预测磷酸化作用位点,利用Swiss‐PdbViewer4.0.1对酿酒酵母GPX3蛋白进行表面电位预测;用TMHMM进行跨膜结构域分析,利用EXPASY中的TargetP1.1软件进行亚细胞定位,利用SOPMA软件对蛋白进行二级结构预测分析,并用Protein-BLAST 同源搜索其保守结构域,确定其可能的功能;利用GlobPlot软件(http://globplot.embl.de/)对蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测分析;利用Geno3D、视图软件Rasmol工具预测蛋白质的三级结构,通过Ramachandran 图对其三级结构预测结果进行评价。
2结果
2.1酿酒酵母GPX3蛋白基因序列特征分析及进化树的构建
基因序列:
>gi|330443595:423128-423619 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence
ATGTCAGAATTCTATAAGCTAGCACCTGTTGACAAGAAAGGCCAACCATTCCCCTTCGACCAATTAAAGGGAAAAGTGGTGCTTATCGTTAATGTTGCCTCCAAATGTGGATTCACTCCTCAATACAAAGAACTAGAGGCCTTGTACAAACGTTATAAGGACGAAGGATTTACCATCATCGGGTTCCCATGCAACCAGTTTGGCCACCAAGAACCTGGCTCTGATGAAGAAATTGCCCAGTTCTGCCAACTGAACTATGGCGTGACTTTCCCCATTATGAAAAAAATTGACGTTAATGGTGGCAATGAGGACCCTGTTTACAAGTTTTTGAAGAGCCAAAAATCCGGTATGTTGGGCTTGAGAGGTATCAAATGGAATTTTGAAAAATTCTTAGTCGATAAAAAGGGTAAAGTGTACGAAAGATACTCTTCACTAACCAAACCTTCTTCGTTGTCCGAAACCATCGAAGAACTTTTGAAAGAGGTGGAATAG
酿酒酵母GPX3蛋白的mRNA序列(NM001179559.1)注释信息表明,其对应的基因定位序列识别号为LOC 854855 ,通过对基因序列识别号LOC854855进行超链接,结果(图1)发现该基因定位于9号染色体YIR037W,其所在的基因组序列(contig群)为NC_001141.2,在基因组序列上的匹配位置为423128~423619,长度492 bp,该基因由1个外显子(编码序列长492nt)组成(图3),蛋白编码区(NP-012303.1,图3中红色部分)与NC_001141.2contig群内的匹配位置 为423128~423619,长度为492bp,编码163个氨基酸。
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