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通过BLASTP比对搜索，共鉴定出拟南芥基因组中3个RIO基因，基本信息见表1。根据这3个基因在染色体上的位置，系统命名为AtRIO-1~AtRIO-3。AtRIO-2蛋白长度最短，仅461 aa，AtRIO-1蛋白长度最长，为537 aa。蛋白质等电点分析表明，3个蛋白均为为酸性蛋白。基因转录方向均为正向。亚细胞定位预测表明，3个蛋白均分布在其它位点。
表1 水稻和拟南芥RIO基因的基本信息
基因 座位号 染色体 外显子数 蛋白质氨基酸数 蛋白质分子量（Da） 预测的等电点 转录
方向 亚细胞
定位
OsRIO-1 Os01g66520 1 13 492 55287.7 4.969 正向 其他位点
OsRIO-2 Os07g06820 7 14 525 60117.1 9.4327 反向 叶绿体
AtRIO-1 At2g24990 2 12 537 61081.1 5.1873 正向 其他位点
AtRIO-2 At3g51270 3 13 461 53020.0 4.9594 正向 其他位点
AtRIO-3 At5g37350 5 12 531 60319.5 5.4865 正向 其他位点
3.2 RIO基因染色体分布及复制事件
通过基因组检索，确定了OsRIO和AtRIO基因在染色体上的位置，并利用MapChart软件绘制分布图（图1）。其中，OsRIO-1和OsRIO-2基因分别分布于水稻1号和7号染色体上。AtRIO-1、AtRIO-2和AtRIO-3基因分别分布于拟南芥2号、3号和5号染色体上。基因复制分析表明，没有基因起源于串联重复事件。