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对于作物而言，过酸的环境不利于生长，作物在pH 6.0-7.0生长最好，过酸的土壤不利于作物根系的生长和对肥料的吸收[8]，比如水稻明显僵苗，水稻根系黄黑，豆科共生固氮菌减少，大麦在苗期出现苗黄色，生长差等。
由于施用大量的氮肥，造成氮营养过剩，而氮过量会造成土壤中氨气的挥发从而引起植物地上部分受害到伤害，影响植物吸收二氧化碳，最终导致蔬菜叶面积过大，结实不良，易感染病虫害，对不良气候环境的抗逆性变弱等危害。
酸化作用破坏叶绿素，造成幼苗光合速率下降，比如王利，杨洪强等研究表明根区在酸性条件下，平邑甜茶幼苗的净光合速率显著下降，胞间CO2浓度升高。土壤酸化实际上就是根区的酸化，根区酸化直接损害根系的结构和功能，根系的损伤会引起植株地上部分的生理变化[12]。对水稻、芥麦、大豆和马尾松等的研究表明，溶液中的H+对植物的影响较小，但pH值的变化导致土壤中铝形态发生变化，铝毒危害植物，从而造成对植物的危害。众多研究表明，pH值的降低导致了活性氧的产生，同时造成清除活性氧障碍，导致活性氧毒害细胞，造成膜脂过氧化。