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在逆境条件下，大豆体内会不断产生活性氧，例如过氧化物、羟基自由基等。当这些过多的活性氧对大豆造成毒害时，大豆自身便会启动一些活性氧清除机制，主要包括谷胱甘肽（GSH)、抗坏血酸及其代谢途径中相关中间产物等。谷胱甘肽属于抗氧化物质，以小分子的形式储存于植物体内，而在其代谢途径中，谷胱甘肽还原酶（GR)、谷胱甘肽过氧化物酶(GP)、谷胱甘肽转硫酶(GST)这三种酶起着重要作用。GR是一种黄素蛋白氧化酶，在氧化胁迫条件下发挥作用。在氧化胁迫下，依附于GR的作用，活性氧（ROS)能使GSH与GSSG相互转化。GP是ROS途径中的关键酶，其编码基因的表达具有组织特异性[7]。另外,它是植物抵抗氧化胁迫的好帮手，利用ROS，其编码的基因可通过ROS呈上调趋势。GST由多基因家族编码，它在胞质中有酶活性，参与氧化胁迫，能在植物应对胁迫中强表达[8]。
类黄酮是植物合成的一类次级代谢产物，在植物的根、茎、叶中都有分布，且含量极其丰富。查尔酮合成酶基因是苯丙氨酸代谢途径中的关键基因,在类黄酮类物质合成中扮演着重要的角色。对于植物本身来讲，类黄酮在植物代谢中具有多种特异性，不仅与植物的生态防御和色素合成密切相关，并且在植物生殖过程中发挥重要功能。近年来，人们对类黄酮展开了一系列的研究，包括在合成、代谢、功能、调控、利用等几个方面。越来越多的研究表明，植物组织中类黄酮含量与其抗逆性有着密切关系，植物抵御干旱、冷害、盐害等逆境的能力会随着植物类黄酮的含量增加而增强[9]。查尔酮合成酶在类黄酮物质合成中起着关键作用，称之为关键酶。大豆为了对高盐环境作出积极响应，会刺激查尔酮合成酶相关基因的表达。
根瘤菌能与豆科植物共生，形成根瘤并固定空气中的氮气为植物提供营养。在盐胁迫条件下，大豆根瘤的发育和干物质的产量会受到极大影响，根瘤的形成及其固氮能力也会变的极为敏感。据报道，大豆的耐盐能力除了自身对盐胁迫的耐受性之外，与之共生的根瘤菌也有很大关系，并且有研究发现，根瘤形成的数量和固氮能力与其寄主的耐盐性呈正相关[10]。
转录因子在植物的生长发育中起着重要的调控作用，尤其是其应对外界环境下的逆境胁迫，如盐害、干旱、低温等。DNA结合域、转录调控区、寡聚化位点和核定位信号是转录因子重要的几个部位，正是借助它们与相应的顺式元件互作来达到控制基因表达的目的。一些常见的转录因子如DREB类转录因子、WRKY转录因子、 MYB类转录因子、bZIP类转录因子、NAC类转录因子等在不同条件下都能发挥出各自的功用，且这四类转录因子均与植物抗逆境胁迫相关[11]。WRKY转录因子在结构上具有一段WRKYGQK和一个保守锌指基序。之前，科学家们先后在甘薯、拟南芥、水稻、小麦以及大豆中克隆了此类转录因子，并证明其在应对逆境胁迫中有一定作用。如大豆中GmWRKY13、GmWRKY21、GmWRKY54在转基因拟南芥中提高了耐非生物胁迫的能力[12]；MYB类转录因子也是一类重要的转录因子，并在植物转录因子中具有重要地位。已有研究表明GmMYBJ6增强了转基因烟草对高盐、干旱的耐受性[13]。在本次实验中，我们对该转录因子进行了一定的研究，关于Glyma01g40220.1和 Glyma08g20270.1这两个基因在根瘤菌肥影响下，对大豆耐盐能力的作用。相比较前两种转录因子，NAC类转录因子除了能在植物应对逆环境胁迫起调控作用，对于植物体自身生长发育也具有举足轻重的作用。如在拟南芥中过表达大豆转录因子GmNAC20能增强转基因的耐盐能力[14]。与其他转录因子相比，bZIP类转录因子属最大而又极为保守的一类转录因子。它最主要的功能是与植物体多种代谢途径的发生密切相关，并且对环境中的多种胁迫信号有所响应。如1998年，Kusano等[15]从玉米中克隆的 bZIP类转录因子mlip15,对盐胁迫能产生极强的生理响应。