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第三步，加入缓冲溶液，这时候序列自由端的部分就会和旁边的adpater进行匹配。
第四步，进行一轮PCR，在PCR的过程中，序列是弯成桥状，所以叫桥式PCR，一轮桥式PCR可以使得序列扩增1倍
如此循环下去，就会得到一个具有完全相同序列的簇，一般叫cluster。
1．2．1. 3 测序
测序的过程主要步骤有碱基延伸，荧光激发和拍照，剪切等。这3个步骤重复进行，想测定多少个碱基，就重复多少次。首先是来一个primer，然后加入特殊处理过的A，T，C，G四种碱基。特殊的地方有两点，一个是脱氧核糖3号位加入了叠氮基团而不是常规的羟基，保证每次只能够在序列上添加1个碱基；另一方面是，碱基部分加入了荧光基团，可以激发出不同的颜色。在测序过程中，每1轮测序，保证只有1个碱基加入的当前测序链。这时候测序仪会发出激发光，并扫描荧光。因为一个cluster中所有的序列是一样的，所以理论上，这时候cluster中发出的荧光应该颜色一致。随后加入试剂，将脱氧核糖3号位的—N2改变成—OH，然后切掉部分荧光基团，使其在下一轮反应中，不再发出荧光。如此往复，就可以测出序列的内容。
1．3 材料
材料来自实验室的水稻品种“Nipponbare”，种子在室温下发芽3天。然后将发芽的种子播种在土壤中以在温室中继续生长。收集两周龄的幼苗用于蛋白质和DNA分离。经ChIP得到fastq文件分别是：
LS-15_ATCACG_L000_R1.fastq、LS-16_CGATGT_L000_R1.fastq、LS-15_ATCACG_L000_R2.fastq 、LS-16_CGATGT_L000_R2.fastq。
Fastq格式是以@开头，后边是read的ID以及其他信息。第二行为read的序列。第三行以+开头，后边跟read名称，此处被省略。第四行代表read的质量，用ASCii码来表示，-10lgP的值转换成ASCII码，而P则代表该碱基被测序错误的概率。
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