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（3）构建具有组织特异性的microRNA调控网络，首先将任意4个不同组织的网络作合集运算，再将所得合并网络的节点从所有调查组织的合并网络中去除，导出节点表格和边界表格，去除独立的无相互关系的节点后获得新的特异性microRNA及其靶基因关系基础表，再导入cytoscape中，构建没有参与合并的组织的特异性microRNA调控网络，如，对根、叶、种子、种皮的网络作合集运算获得no cotyledon网络，再将no cotyledon网络中所有节点从总网络中去除，可成功构建在子叶中特异存在的microRNA调控网络，以此类推，构建在5各组织中都特异存在的microRNA及其靶基因的切割关系网络。在分析的过程中，对特异表达的这些microRNA进行表达量检测：下载小RNA测序文库，与目标分析的microRNA进行比对，获得上述特异存在的microRNA在特定组织中的表达情况，通过表达量的筛选出在组织中真正特异表达的microRNA，本实验筛选出在特定组织中表达量大于20的gma-microRNA，判断其在大豆中为具有组织特异性的microRNA。
在找出特异表达的microRNA和具有通用调控作用的microRNA后，对各调控群作用进一步探索，发掘其在大豆生长发育，抗病抗逆等中的重要作用，利用gene数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene）和Phytozome平台[29]对重要的靶基因进行查询，以备深入研究microRNA在大豆生长发育过程中起到的重要作用。