-
摘要：PC-MYB参与了细胞的分化、细胞周期的调节、激素和环境因子应答，并对植物叶片等器官形态建成具有重要的调节作用。本论文采用生物信息学的方法，在NCBI上搜索获得PC-MYB的潜在同源序列共16科28属35种，对这些序列进行了序列比对及系统发育树构建，结果表明，基于氨基酸序列与基于CDS序列所构建的系统发育树基本相似，只是在一些小的分支及支持率上有所差别。同属及同科的物种均较好地聚在了一起，说明PC-MYB基因在属内及科内的保守性。36157
- 上一篇：禾谷类植物淀粉合成关键酶的鉴定与比较分析
- 下一篇：稀土元素镧对淡水涡虫再生中干细胞相关基因的表达影响
毕业论文关键词：MYB；同源序列比对；生物信息学
MYB gene families homology analysis
Abstract: PC - MYB involved in the regulation of cell differentiation, cell cycle, hormones and environmental factors, and the plant leaves, such as organ formation plays an important role in regulating.This paper adopts the method of bioinformatics, search for the PC - MYB on NCBI. Total 35 homologous sequences representing 35 species in 28 genera, 16 families were downloaded in our analyses.We did alignment based these sequences,and used MEGA to infer phylogenetic relationships. Our results revealed that minor differences in clades and support values were found between aa-based tree and cds-based tree. Species from the same genus or family were monophyletic, suggesting the PC-MYB was conservation in the genus and family level.
Keywords: MYB ；Homologous sequence alignment ；bioinformatics
目 录
摘要 1
引言 1
1材料和方法 2
1.1 材料来源及序列 3
1.2 生物信息学分析软件 3
2结果与分析 4
2.1研究的植物 4
2.2同源序列的碱基和氨基酸数目的统计 6
2.3 PC-MYB的同源性分析 6
2.4 PC-MYB氨基酸、编码序列同源性对比 11
3讨论与结论 12
参考文献 13
致谢 15
PC-MYB基因的同源性分析
引言：
转录因子通常也成为反式作用因子， 它调节生物体内基因的表达并且通常至少含有两个功能域：一个是DNA结合域，另一个是转录激活／抑制域，它们共同作用调控目的基因在生物体内的表达。MYB是最大的转录因子家族成员之一。MYB基因序列在1941年从引起禽急性成髓细胞白血病AMV和E26中成功鉴定出来。K.lempnauer[1]等又从禽成髓细胞瘤病毒中鉴定出一个comman transforming的基因，称为v-myb癌基因。后来发现，动物细胞中也存在相应的原癌基因c-myb,而且具有调节细胞增值和分化作用的 c-myb的等位基因A-myb和B-myb已从人类肿瘤细胞中被成功鉴定出来。玉米的Clorless1(C1)是植物中第一个被分鉴定的转录因子，随后，许多植物如棉花、大豆、烟草、拟南芥、苹果和白菜等物种中也鉴定出MYB蛋白的同源的蛋白[2-3]。截止2008年 11 月，NCBI中正式登录的MYB基因已达2397条。目前,人们对MYB已有了一定的认识，但了解还非常有限,尤其是植物中存在大量的MYB转录因子还尚未被鉴定出来。从而，从植物中发现更多MYB则是人类当前的追求目标。 Riechmann[4]和Stracke等[5]曾经利用生物信息学的方法在拟南芥中发现了125个R2R3-MYB家族的基因成员。后来， Dias等[6]对R2R3-MYB基因家族在植物中的进化关系进行了研究。Zimmermann等[7]对MYB在拟南芥整个基因组中的分布进行了研究。Jiang等[8]对拟南芥和水稻的MYB基因结构进行了研究，认为不同亚类间的内含子和外显子的结构不一致,但在亚类内有相同的基因结构。Chen等对拟南芥MYB基因家族进行了进化和表达分析，发现MYB的相关蛋白在进化上更古老，而且变化非常迅速。