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植物常通过召集特定功能微生物菌群来应对根际各类生物和非生物胁迫[1]。根际微生物群落结构复杂，但群落成员不是独立存在的。一种微生物的存在对另一种微生物的种群数量有正的、负的或者中性的影响，这使得菌群间形成包括互利共生、剥削、偏害、偏利、竞争和中立等6种互作类型（图1）的复杂菌群生态交互关系网[2]。细菌是单细胞生物，但高度社会当他们生活在自然环境中。他们相互作用在不同的栖息地，在不同的物种，也通过不同的方式[19-23]，从而生成一个惊人的广泛合作与交流的社会行为同步[21,24,25]。举例来说，即使是一个简单的生态系统组成的只有两个物种，可能有751个不同类型的相互作用，包括中立、共生、偏害共栖、竞争、互利共生、和寄生[26]。
菌群生态交互关系被认为是影响微生物群落功能的重要因素之一，然而菌群互作特征与功能之间的偶联关系还不明确[10]。近年来运用宏基因组学、转录组学和蛋白质组学等手段使我们对微生物分类、群落结构、功能多样性和基因和蛋白质表达、转录等方面有了深入了解。基于高通量数据进行网络互作分析，可以在群落整体水平上理解群落成员间的相互作用关系，但获得具有生物学意义的微生物相互作用关系是非常困难的