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(6) 不能去除废水中的氮和磷
UASB反应器与其他厌氧处理设备一样，其不足之处是不能去除废水中的氮和磷。这是由厌氧生化反应的本质决定的。在处理高、中等浓度废水时，采用厌氧-好氧串联工艺，即用UASB反应器去除废水中大部分寒潭有机物作为预处理，而用好氧处理设备去除残余的含磷有机物和氮、磷等物质，这是最佳的废水处理工艺选择，具有很大的节能意义，并可大大节省基建投资，降低运行成本。因而，有着很好的经济效益和环境效益。
1.3.2 UASB反应器的工艺存在的问题
虽然UASB反应器相比于其他反应器有其独特的优点，在处理高浓度有机废水力一而的应用也是非常具备竞争力的，但也无可避免地存在一些弊端，尚有一些难以控制的问题：
(1) 污泥颗粒化的形成
UASB反应器能培养出沉降性能良好的厌氧颗粒污泥，但是这具有一定的难度，与系统中的碱度大小、水力负荷的高低、以及COD、N、P的比例是否恰当有关。
(2) 污泥的流失
为了保证UASB反应器的污泥总量，颗粒污泥在上升过程中与产生的气泡分离，依靠重力作用重新返回到反应区，这与污水的上流速度有关。由于污水的上流速度和反应器中气流的上升速率难以控制，所以保证反应器中污泥不流失具有一定的难度。同时反应器中厌氧微生物的自身生长也可能导致污泥量的减少，因此，保证UASB反应器中良好的生物停留状态而不受水流影响是工作的重点也是难点。