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（三）没有建立有效的土地流转机制
目前，土地承包经营权一般在村与村之间、乡与乡之间流转，且在亲属、朋友或者相互关系较好的农户之间的流转频率比较高。在实际流转过程中，农户大多都采用口头协定等非正式的方式达成协议、不使用书面合同，即便签订合同，也存在着责、权、利关系的条文不明确、操作程序不规范、没有向集体登记等一系列问题。比如，有些承包户之间的土地承包经营权的流转是由村组织代替进行的，但缺少相应的委托书，也有相当一部分农民通过土地承包经营权流转擅自将土地用于非农建设，还有一些地方的经济组织在对外流转的过程中，没有按照规定实行公开招标以及规范的合同文样签订承包协议，直接由村干部与承租者达成交易。
不规范的流转行为导致当前土地纠纷大量存在。由于流转程序的不规范，使得流转双方的责任不明确，无法保障流转权益不受侵害。出现土地使用权发生权属等纠纷时，就很难文护当事人的合法权益，农村土地承包经营权的流转秩序会受到大量的不规范的行为的破坏，也严重影响了农业的稳定生产。并且在很大程度上会对土地流转的规模以及效益产生消极的影响，使得农村土地流转的范围遭到限制，不利于农业的规模化经营。
（四）农村土地流转双方融资困难
土地的集中和规模经营是现代农业的基本特征，也是农业发展的必然趋势。农村土地流转是实现土地规模经营的重要途径之一。通过对市农村土地流转的考察，发现规模化经营仍然存在着一些阻碍，资金支持是其中之一。足够的资金支持对于土地流入方和流出方都是非常必要的。对于流入方来说，前期投资成本大，周期长所以必要的后续资金支持是非常重要的；此外，农户作为土地的流出方，也需要资金去发展二、三产业。因此，如何建立适应农村土地流转规模经营的贷款方式是需要解决的现实问题。但是，在资本市场尚不发达以及农地抵押困难重重的情况下，市农业经营项目与农民融资途径单一，成本高昂，数量远远不能满足土地规模经营与现代农业发展的需求。
（五）土地流转的社会保障体系不完善
当前，我国农村土地除具有产出农产品的经济功能之外，还负担着农民的社会保障功能。由于我国实行的社会保障模式是城乡二元化，造成“市民”和“农民”分开、城乡居民的社会保障水平差距很大的现状。目前，我国城镇社会保障体系已基本建立，但广大农村地区的社会保障体系还不完善，基本的保障养老、社会救助、医疗等的制度尚未完全建立起来。在这种情况下，农民进行土地流转的积极性不高，害怕由于进行土地流转而丧失基本的生活保障，即使不得已要转包土地，也尽量转包给与自己关系好的亲属、朋友。这种流转行为不以耕种适应性和方便性为依据，不利于提高农业生产效益。
三、新时期我国农村土地流转存在问题的原因
（一）农村土地流转空间受到一系列因素的影响
农户兼营限制了农村土地流转空间。近年来，土地价格上涨的趋势越来越明显，农民对土地的价值也越来越看重，土地已经成为一种财产增值手段，不肯轻易流转土地。随着第三产业发展的逐渐崛起，许多青壮年劳动力从事服务行业，只是利用闲散劳动力从事农业生产，土地经营成为一种附属。由于对土地增值的要求越来越高，很多农户即使无力耕种也不愿将土地转让给别人，在很大程度上限制了土地资源优化配置。
现阶段，农村土地仍承担着非常沉重的社会保障功能，这在一定程度上阻碍农村土地承包经营权的转让。农村社会保障体系还不是很完善，存在着层次低下、覆盖范围小等缺陷。因此，农民还是将土地作为自己生活的最后保障，不轻易流转土地。故农地闲置和大量的农村剩余劳动力并存的现象便很普遍了。此外，由于农村土地交易存在复杂性，以及农地市场信息不完全，农户往往需要花费很大的代价去完成交易而搜寻交易信息，这些都严重影响到农地承包经营权市场流转的实现。