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我国法律规定，农村土地的出让和转让，必须先以国家征收的方式转为建设用地，然后由国家出让给建设开发单位，建设开发单位向国家交纳土地出让金等税费，开发建房后再出售给消费者，最后国家会颁发房屋所有权证书以确认购房人对该房屋的所有权。因此，乡产权房不是法律上的商品房，不能在市场上交易流转，购房者不会获得合法有效的产权证明，后期利益也得不到法律保护，发生纠纷，法官“无法可依”。所以，小产权房的存在等于是在“擦边球”，违背了法律的严肃性。
（2）小产权房占用了大量耕地，违背我国的耕地保护计划
中国是农业大国，“三农”问题关乎民生大计。耕地保护是关系我国经济和社会可持续发展的全局性战略问题。“十分珍惜、合理利用土地和切实保护耕地”是必须长期坚持的一项基本国策。但根据国务院调查显示，最近十几年来，中国因为非农建设占用而减少的耕地大约占耕地减少的40%左右，其中小产权房系非农建设一部分，对耕地也造成了不可忽视的影响。要想守住18亿亩耕地红线，就必须严厉打击小产权房。
（3）小产权房扰乱了房地产市场
小产权房以其低廉的价格吸引广大中低收入者，在日益高涨的城市房价下，为了满足自身住房需求，小产权房无疑是为他们“量身定做”的选择。因此，即使知道存在安全风险，很多购房者还是会亲睐它们。这种不规范的市场行为破坏了正常的房产价格体系。一旦市场出现了不稳定的因素，那么就会波及到房地产市场，造成房地产市场紊乱，最后甚至会对整个经济造成破坏。虽说我国的房地产价格增速过快，存在较多不合理的价格因素，但毕竟这种价格尚未违法。这和小产权房违法性的价格有着根本性的区别。
另外，由于缺乏严格的市场监督，很多小产权房质量不过关，购买者的后期利益无法保障，由于拿不到产权证明，小产权房的处分、收益没有保障。根据资料显示，在小产权房开发、出售过程中，绝大部分利益被地方政府和开发商获得，农民的利益受到损失。综上所述，小产权房不应该合法化。