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（一）网络知识产权保护的法律体系尚未健全
目前，我国保护网络知识产权的法律体系虽然一直在不断的健全，但是仍有很大的提升空间。早在2000年最高人民法院就通过了《关于审理涉及计算机网络著作权纠纷案适用法律若干问题的解释》，并且经过多年实践，该解释在2003年和2006年分别作了修改完善。该解释将网络传播作为作品使用方式之一，明确规定对权利人的作品上传到网上的权利给予保护。2006年我国实施了《信息网络传播保护条例》，对网络环境下的知识产权保护工作作出了更深层次的规范。三年后我国又颁布了《侵权责任法》，对保护网络知识产权作了更进一步的规范。国家相关部门颁布的这一系列法律法规对网络知识产权的保护起到了积极的促进作用，有了这些法律的保护，网络服务提供者和网民的侵权行为得到了约束，但互联网发展瞬息万变，网络技术更新迅猛，立法一般相对滞后和保守，大多都是等到事件发生之后，才会拟定相关法律措施，很难适应互联网环境的发展状况。加上法律一切都要讲究证据，而网络知识产权的侵权证据又很难获取，并且网络侵权具有一定的隐蔽性，这些都是网络知识产权保护在立法上亟待解决的疑难点。
在百度文库侵权案中，百度是否适用避风港原则，获得相应免责，是很关键的问题。一部分人认为，拥有庞大资源共享体系、长期占据主导地位的百度的这种行为是一种不折不扣的“盗窃”行为，对于作家的文权活动应当给予大力支持。“当年，谷歌仅仅摘录著作权人著作的部分内容，还支付了60美元使用费，尚且构成侵权。” 此次百度大量公开使用知名作家的作品，很显然是对网络著作权的侵犯，承担侵权责任也是理所当然的事情。而另外一部分人则不这么认为，他们坚持认为百度文库免费提供给网民开放共享的知识资源平台，作为网络服务提供者，百度理应受到避风港原则的保护。而且百度不存在主观上的过错，因此不构成侵权。这就彰显出了网络立法远远滞后于网络技术的发展，没有对诸如“主观过错”等概念进行明确界定，从而使避风港原则成为“盗版的避风港”。这不仅反映出了保护网络知识产权在立法上的无奈与尴尬，也透露出在执法过程中的困难重重。
另外，在此案件中，百度是否直接获得经济利益是判断百度是否侵权的重要依据之一。而对于这个问题，当时双方也各说各话。中国文字著作权协会的副总干事张洪波在接受《羊城晚报》记者采访时表示，正是由于百度文库中的这些文字作品，使得百度的点击率一路攀升，与此同时，百度的广告额也随之上扬。在互联网产业中，这就是一种赢利。而且百度文库主页及分页面上都有广告存在。这也就是说，百度在侵权作品旁设置广告属于直接获取经济利益，应该承担民事赔偿责任。反对者意见则认为，纵使百度违反了《信息网络传播权保护条例》中关于为网络服务商提供侵权免责限制的第22条中的第四条，即未从服务对象提供作品中直接获得经济利益。这也只能导致此款免责理由不能成立，并不必然导致承担赔偿责任。因为，无论是《著作权法》还是《侵权责任法》均为明文规定。
（二）网络知识产权的保护意识普遍淡薄
在传统行业中，公众对知识产权的保护意识就相对薄弱，甚至很多人对保护知识产权表现出某种程度上的陌生。保守的传统行业亦如此，在互联网开放性的大背景下，公众对于保护知识产权的意识更是让人不敢恭文。从现状来看，不管是公众、网络服务提供者还是权力拥有者，对网络知识产权的保护意识普遍表现出某种程度上的淡薄。